方咪咪与方甲甲姐弟俩在一个偶然的情况下被发现有"特异功能"。消息不胫而走，一时间，他们成了新闻人物。方家和学校从此"忙碌"起来，有的人要求甲甲、咪咪找一找祖上埋下的元宝；有的人请他俩去为患者透视看病；有的要他们去帮助破案；而学校的关校长却想利用他们去巴结领导从而得到的提拔。这时，华夏大学人体研究所的工作人员米兰提出要对他俩进行测试，以便带他们到北京参加特异功能研讨会……关校长为了讨好各方，不惜"一女两嫁"暗中得得，最终因为收受贿赂而受到了应有的惩处。在为外宾表演的专场中，咪咪和甲甲利用"思维控制"的功能使两位外宾情不自禁跳起了"迪斯科"，使中外宾客大饱眼福，世界"特异功能"表演大赛主持人查尔斯向姐弟俩发出了参赛邀请。"自然之谜》杂志社总编胡梦龙和钱菲菲趁机以此为资本，办起了特异功能刊院，大雪骗取钱财。以满天飞和黄毛为道的流氓盗窃团伙。为了利用咪咪和甲甲帮助他们找到清代的稀世国宝，将姐弟俩劫持到一个地洞里。咪咪和甲甲不畏强暴、巧于周旋，最终在公安人员的配合下，利用自身的特异功能战胜了邪恶。胡梦龙被抓走；满天飞丧命；大疤脸和黄毛也被逮捕归案。姐弟俩幸福地回到了亲人的怀抱，随着科研人员米兰来到了北京。

　　南方边陲小镇，绰号“钉子李”的老人自恃棋艺高超，他将老将钉在棋盘上，声称无人能令他拔钉挪将，独孤求败。在那个特殊的时代，百万青年上山下乡。小镇新来的书记（牛犇 饰）输棋后愤愤不平，派下属去城里寻找擅长琴棋书画的人才。外号“棋呆子”的北京青年王一生（谢园 饰）稀里糊涂成了破坏文化大革命的现行反革命，最后被寻找他的人救了出去。他似乎对所要去的地方根本没任何想法，只要有饭有棋就一切都好。“何以解忧，惟有下棋。”呆子一心只在棋局，他将在那个陌生的所在和各路高手留下令人神往的对决……
　　本片根据阿城的同名小说改编，并荣获1989年度金鸡奖最佳男演员奖（谢园）。

　　人犯宋泽在潜逃途中又杀害了一名武装警察，劫枪窜回某海滨城市。公安干警何磊奉命去抓捕宋。狡猾凶残的宋连连作案，女友李晓华规劝他投案自首。宋拒绝后，李仍为他购买车票，帮他潜逃。何磊找到了李晓华，在何的苦心劝告下，李说出了宋的去向。何磊率公安干警乘直升飞机追上宋所乘坐的开往 北京的83次列车，并在列车长的协助下登上了正在行驶的列车……

　　经过与一十一（神木隆之介 饰）的恶战，濑文焚流（加濑亮 饰）身受重伤，命几不保。在此期间，青池里子（栗山千明 饰）随女儿小润（森山树 饰）悄然离开医院；而各国政要的一次关于简单计划的秘密会议上，自称卑弥呼的日本代表抹杀所有人，他代表SPEC持有者正式向普通人类宣战。世态险恶的当下，濑文急急出院，和当麻纱绫（户田惠梨香 饰）一同调查青池母女的行踪。而野野村组长（龙雷太 饰）则独自行动，查找简单计划病毒疫苗的下落。新的SPEC持有者交替登场，残酷的杀戮却从未停止。关于前人类的秘密昭然若揭，惨烈浩大的人种战争即将拉开序幕……
　　本片为SPEC系列完结篇的前篇。