小时候，日向翔阳从电视上看见排球比赛，乌野高中的一名小个子在球上的英姿，简直就是个“小巨人”。他对此印象非常深刻，并开始迷上排球，一直想成为“小巨人”一样的人。初中时排球部不够人数，他只好默默等待，后来在终于有新成员加入后，参与了第一次也是最后一次的比赛，然而他们不幸与最强队伍对决，结果当然落败了。单凭自己的话，是绝对没办法看见那景色的，不是自己一人的话，或许就能看见了。为了能够打出“胜利”的比赛，翔阳努力考入乌野高中，为实现成为“小巨人”的排球梦想而努力着！
明治十年，剑心、弥彦、阿薰、左之助一行乘火车来至横滨，甫至此地，便因与几个骚扰年轻女子的外国士兵发生争端，且因此结识了正直的武士时雨泷魁，他们很快成为好朋友。 时政治格局仍动荡不安，诸多反抗明治的志士不断向政府机关以及外国大使馆发动袭击。而时雨正是所谓“新维新”运动的领导者，明治以前，他曾是佐幕派彰义队的领袖之一，其好友“鬼斩”高槻严达即死在拔刀斋剑心的刀下，而被他们所搭救的女孩朱鹭正是严达的女儿。 造物弄人，让这些恩怨纠缠的人以如此方式重逢。得知一切的剑心决定不顾一切阻止好友袭击政府的行动。而另一方面，野心家田母野打算借镇压叛乱分子的良机图谋不轨……
