心爱在木造房屋小镇度过的第二个夏天即将结束，季节即将变成各种盛大活动满载的秋季。不论是在学校还是在Rabbit House，都有很多开心的事情！心爱、智乃以及大家都难以抑制对未来的期待……！
未来，人类对宇宙的探索进入了繁盛时代。机械师陈末本以为能搭乘星际飞船顺利达到人类开发的新世界——野原星。没想到一觉醒来，野原星成为一片焦土，而队友都变成了可怕的傀儡怪物。陈末并不知道，在休眠舱沉睡的几百年间，人类已经建立了星际联邦，野原星发生异变生灵涂炭。为什么我还活着？——怀着无数疑问，陈末修复了四名性格各异、功能不同的机器人助手，在他们的帮助下每天打怪求生、囤积物资，准备重返地球家园。然而一名从天而降的外星女人彻底打乱了他的归程计划，这位名叫克莱缇的美丽索恩贵族女爵，将倒霉的陈末带向了更大的麻烦之中……
明治十年，剑心、弥彦、阿薰、左之助一行乘火车来至横滨，甫至此地，便因与几个骚扰年轻女子的外国士兵发生争端，且因此结识了正直的武士时雨泷魁，他们很快成为好朋友。 时政治格局仍动荡不安，诸多反抗明治的志士不断向政府机关以及外国大使馆发动袭击。而时雨正是所谓“新维新”运动的领导者，明治以前，他曾是佐幕派彰义队的领袖之一，其好友“鬼斩”高槻严达即死在拔刀斋剑心的刀下，而被他们所搭救的女孩朱鹭正是严达的女儿。 造物弄人，让这些恩怨纠缠的人以如此方式重逢。得知一切的剑心决定不顾一切阻止好友袭击政府的行动。而另一方面，野心家田母野打算借镇压叛乱分子的良机图谋不轨……
《明日方舟》主线动画官宣二期制作决定！副标题为 冬隐归路。
