2006年の発売から根強い人気を誇るPlayStation2用ゲーム「ペルソナ3」をアニメーション映画化した「PERSONA3 THE MOVIE」の第3章。季節は秋になり、結城理をはじめとしたペルソナ使いたちによる特別課外活動部と異形の怪物「シャドウ」との戦いにも、終わりが近づいていた。しかし、「影時間」を終わらせるためシャドウとの死闘を繰り広げる理の前に、謎の転校生・望月綾時が現れる。第3章監督は「銀河機攻隊マジェスティックプリンス」「デート・ア・ライブ」などを手がけてきた元永慶太郎。
故事发生在 G.C. 0051 年新东京（NEO TOKYO）的八百八町，Robi 是个长得还不错奔三的残念系主角，虽然自称是个自由撰稿人，但实际上因为工作上的失败没了工作合同，被女人甩了，还在交通事故中濒临死亡，不断的走背字，还欠钱被人追债。 某天被人 抢包的 Robin 被一个青年相助，这位青年抓到了抢劫犯将 Robi 的包拿了回来，这位热心青年叫 Hachi。 Hachi 和 Robi 两人的性格完全相反，而在转天找 Robi 讨债的人终于上门了，而那个讨债人正是 Hachi，这是 Hachi 的打工，在危急关头 Robi乘着宇宙船飞向宇宙， Robi 想着去传说中只要到达就会变得幸运的传说行星「伊塞坎达尔」扭转自己的不幸。 就在 Robi 做着美梦的时候 Hachi 的脸突然出现在宇宙船内，当时 Robi 逃走时宇宙船里还有 Hachi，因为这个意外而成了旅伴的 Robi 与 Hachi 一路向着「伊塞坎达尔」前进——
